La historia de esta lotería se remonta a una propuesta efectuada por Don Leopoldo de Gregorio (1699-1785), en aquel momento Ministro de Hacienda y que más tarde se convertiría en Marqués de Esquilache, siendo presentada y aprobada por el rey Carlos III. La finalidad de esta lotería era recaudar más dinero para llenar las arcas de la nación, sin incrementar ni idear un nuevo impuesto. El primer sorteo de la Lotería Primitiva, que fue muy parecido al que tiene lugar hoy en día, se celebró el 10 de diciembre de 1763. Por aquel entonces, en este primer juego se recaudaron unos 187.500 reales, con una repartición del 75% distribuido en premios y un 25% que terminó en poder del Estado. La primera denominación que tuvo esta lotería fue «Lotería por Números».
La Lotería Primitiva permaneció reinante durante cincuenta años, hasta que en 1812 apareció una nueva clase de lotería cuya innovación era que los boletos ya venían impresos con un número; a este nuevo juego se le llamó “Lotería Moderna”, siendo la precursora de la que más tarde se llamaría lotería nacional, vigente hoy en día. En cuanto surgió otro tipo de sorteo, la “Lotería por Números” cambio su denominación y pasó a adoptar el nombre que tiene actualmente, el de “Lotería Primitiva”. Pasados otros cincuenta años, en 1862, la Lotería Primitiva fue eliminada por el Gobierno, el cual pretendía reforzar la participación de su competidora, la Lotería Moderna o Nacional.
Tuvo que transcurrir más de un siglo para que la Lotería Primitiva regresase para quedarse. En 1985 volvió a ejecutarse este juego por ordenanza ministerial según Real Decreto 1360/1985 de 1 de agosto, promulgado en el BOE del 7 de agosto de 1985. El primer sorteo de esta nueva era se efectuó el 17 de octubre de 1985, sumando una magnífica recaudación con unas ventas de 473.213.325 de las entonces pesetas. Desde ese día, el sorteo de la Lotería Primitiva se celebra semanalmente cada jueves. El coste de cada boleto era de 25 pesetas por aquel entonces.
Los primeros boletos que resultaron ganadores en esta nueva fase aparecieron durante el cuarto sorteo, en el mes de noviembre de 1985. Resultaron un conjunto de tres acertantes de la mayor categoría que percibieron 66 millones de pesetas cada uno. Antes de que terminara ese mismo mes, la Lotería Primitiva volvió a entregar otro premio millonario entre tres ganadores, recompensados con 125 millones de pesetas cada uno.
Al año siguiente, en julio de 1986, debido a la fama que había conseguido esta lotería, se incrementó el precio de las apuestas a 50 pesetas, y con ello engrosaron ampliamente los premios. Meses más tarde, en noviembre de ese mismo año, fue cuando un único agraciado se llevó por primera vez uno de esos grandes premios, con un total de 800 millones de pesetas.
En el año 1988 el importe de los boletos volvió a ascender hasta alcanzar las cien pesetas, y en mayo del siguiente año se agregó un día adicional para jugar, en lo que pasaría a llamarse la Primitiva del sábado. Este día de más provocó que apareciera el denominado “boleto marrón,” que posibilita jugar en una misma vez a los dos sorteos de la semana (jueves y sábado).
El precio de los boletos permaneció estable hasta la entrada del nuevo siglo, cuando en el año 2000 se incrementó su valor hasta las 150 pesetas, pasando a ser de un euro desde que España entró en la eurozona ese mismo año.
En el año 2005 la Lotería Primitiva cumplió su vigésimo aniversario. Para festejar estos 20 años se emitió por televisión un sorteo especial que capitaneó el presentador Jorge Fernández junto a la actriz Concha Velasco.
Y sobre récords en premios, el mayor monto entregado en la historia de la Lotería Primitiva se produjo el 15 de octubre de 2015, día en que un solo premiado barcelonés fue agraciado con más de 101 millones de euros.
Una de las últimas novedades se puso en marcha desde el sorteo del 16 de octubre de 2010, implantando la norma que determinaba que cuando en un sorteo no existieran acertantes en la Primera Categoría, dicho premio pasaría automáticamente y de forma continuada a la suma del premio de la Primera Categoría en el siguiente sorteo.
También desde el día 8 de noviembre de 2012, y con la finalidad de entregar botes de mayor premio, se produjo otro cambio en las normas que asignan los premios de la Primitiva, agregando una nueva categoría llamada «Categoría Especial», que pertenece al total de los seis números de la combinación ganadora, sumando el reintegro.