En la medicina, más que en cualquier otra disciplina científica, se advierte la estrecha conexión entre la magia y el templo como lugar de estudio y enseñanza del arte de curar y tratar (centros médicos de Abidos, Sais, Denderah y Heliópolis).
Han llegado hasta nosotros numerosos ejemplares de tratados de medicina, como el papiro de cirugía Edwin Smith (fracturas óseas), los papiros de Lahun y de Berlín (ginecología, métodos anticonceptivos, prueba de embarazo), el papiro Ebers (876 recetas) y el papiro Hearst (traumatismos).
El papiro de Edwin Smith es uno de los primeros textos sobre cirugía y traumas, que trata sobre observaciones anatómicas desde un punto de vista científico (no mágico) y el diagnóstico y tratamiento de varias enfermedades.
Los médicos egipcios se enfrentaban a trastornos externos e internos, por lo cual debían combatir contra agentes visibles e invisibles, asociando intervenciones concretas con prácticas mágicas. Los egipcios pensaban que las enfermedades cuyo origen eran incapaces de averiguar estaban causadas por fuerzas sobrenaturales y, por tanto, recurrían a las artes mágicas, que practicaban los sacerdotes.
El jeroglífico que describe la escena reza así: «Haga que no sea doloroso», dice uno de los pacientes. «Lo haré como guste», recibe como respuesta.
Las nociones de anatomía y fisiología de los egipcios eran bastante someras, y se veían dificultadas por sus confusas ideas del cuerpo humano. Aunque habían identificado la importancia del corazón como centro del aparato circulatorio, creían que bombeaba, aparte de la sangre, también agua, aire, orina, mucosidades y excrementos. Conocían varios órganos, pero creían que existía una comunicación entre pulmones y estómago, entre corazón, hígado y vísceras, y entre ojos y oídos.
Imhotep, fundador de la medicina en el Antiguo Egipto, aparte de astrónomo, sabio y arquitecto.
La capacidad de observación de los médicos les permitía, tras un exhaustivo reconocimiento del paciente, diagnosticar y aplicar una terapia. Esta consistía en medicaciones internas (pociones y preparados administrados por vía oral) o externas (masajes, cataplasmas, unciones, sales de baño, colirios, inhalaciones, gargarismos, etc.).
La preparación de las recetas requería numerosos ingredientes, en su mayoría vegetales, a veces animales (grasa, sangre, bilis, médula), y en raras ocasiones minerales. Conocían también técnicas para tratar los huesos o curar dolores de cabeza y fiebres con plantas como el opio.
Figura de bronce que representa a la diosa Sejmet, temible leona considerada la responsable de las epidemias, pero también de la curación. De combatirlas estaban encargados sus sacerdotes, que eran también veterinarios (época tardía).
Que dificil tendría que ser con tan pocos conocimientos sobre el cuerpo humano y sin pruebas al alncance.